Covid-19 : variant anglais, sud-africain, brésilien… Ce qu’il faut savoir sur les mutations du virus

Ces trois variants sont surveillés comme le lait sur le feu en raison de leur important pouvoir de contagion. Dépistage, isolement, la France renforce ses mesures pour freiner au maximum la propagation du coronavirus.

Confinement, distanciation sociale, cas contact, test PCR ou antigéniques, autant de mots qui font partie du vocabulaire depuis maintenant une année. Mais, depuis quelques semaines, un autre terme est également sur toutes les lèvres, la notion de variant. Le 4 février dernier, lors d’une conférence de presse, le ministre de la Santé assurait que les variants allaient progressivement remplacer la Covid-19 sous sa forme actuelle. Les variants “augmentent d’environ 50% par semaine, c’est-à-dire moins vite que les pays qui n’étaient pas sous couvre-feu. Donc il y a une efficacité des mesures décidées qui permettent de stabiliser la situation sanitaire“, a résumé le ministre de la Santé, Olivier Véran.

Qu’est-ce qu’un variant ?

Par définition, un virus mute en permanence pour s’adapter aux hôtes qu’il vient contaminer. Plus le virus se répand et plus il doit muter afin de rester toujours “performant”. Le terme variant désigne les souches virales sur lesquelles sont fixées plusieurs mutations. Aujourd’hui, les variants gagnent du terrain partout dans le monde. Mal connus par la communauté scientifique, ils pourraient mettre à mal l’immunité développée par les patients déjà contaminés dans le passé par la Covid-19 et impacter l’efficacité des vaccins déjà mis sur le marché.

Le 4 février dernier, Olivier Véran rapportait que parmi les cas détectés positifs, 14% des patients étaient contaminés par un des variants contre 3% la semaine précédente. Pour le moment, trois variants ont été répertoriés dans le monde : le variant anglais, le variant sud-africain et le variant brésilien.

Rencontre avec… le variant anglais

Signalé le 14 décembre 2020 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), le variant VOC 202012/01, est apparu en Angleterre au mois de septembre. Plusieurs études ont confirmé que ce variant anglais  pourrait exacerber les symptômes classiques du Covid-19. Plus de toux, plus de fatigue, plus de courbatures, il s’est très rapidement propagé à de nombreux pays. 

Certaines études britanniques rapportent également une plus grande létalité pour les patients touchés par ce variant. Le 22 janvier dernier, le Premier ministre Boris Johnson alertait sur sa dangerosité : “Il semble également maintenant qu’il existe des preuves que le nouveau variant, le variant qui a été identifié pour la première fois à Londres, et dans le sud-est (de l’Angleterre), peut être lié à un degré plus élevé de mortalité“. Au Royaume-Uni, le groupe scientifique proche du gouvernement rapporte que ce variant augmenterait de 30% le risque de forme grave et de décès.

Les spécialistes s’attendent à ce que le variant anglais devienne majoritaire en France d’ici au début du mois de mars.

Rencontre avec… le variant sud-africain

Le variant sud-africain, baptisé 501Y.V2, a été détecté en Afrique du Sud au mois de décembre 2020.  Aujourd’hui, il est présent dans plusieurs zones du monde comme l’Afrique, l’Europe ou l’Asie. S’il n’est pas plus mortel, ce variant serait 1,5 fois plus contagieux, a assuré un panel d’experts sud-africains. Cette mutation “est 50 % plus transmissible“, mais “rien n’indique que le nouveau variant est plus sévère“, a déclaré le Pr Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-africain, cité par plusieurs médias.

Ce variant repose sur la mutation E484K qui agit directement sur la protéine Spike. Problème, cette nouvelle version du virus semble diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps. Il provoque les mêmes symptômes que la version initiale du virus. L’Agence France-Presse rapporte qu’il se transmet plus rapidement et touche des patients plus jeunes, sans facteurs de comorbidité, qui développent des formes graves de la maladie. Cité par Le Monde, le professeur Richard Lessells du laboratoire Krisp a rapporté qu’en Afrique du Sud : “Les cliniciens sur le terrain nous ont fait savoir qu’ils ont l’impression de voir plus de jeunes gens gravement malades. Nous essayons de comprendre si ce phénomène est lié au nouveau variant du virus ou simplement au fait que plus de jeunes gens sont infectés actuellement.”

Rencontre avec… le variant brésilien

Le 4 février 2021, le ministre de la Santé a annoncé l’arrivée d’un nouveau variant, le brésilien. “On sait depuis hier qu’il y a quatre cas de variants d’origine brésilienne, notamment dans le Var, dans la région Auvergne-Rhône-Alpes et à La Réunion“, avait alors expliqué Olivier Véran. Ce nouveau variant a été détecté au Japon chez quatre voyageurs en provenance de l’État d’Amazonas au Brésil. Plusieurs mutations communes ont été observées chez certains variants. Ainsi, le variant brésilien tout comme le sud-africain présente une mutation qui pourrait lui permettre d’échapper partiellement à la réponse immunitaire de l’organisme. D’autres études scientifiques doivent encore confirmer cette hypothèse.

Les variants remettent-ils en cause l’efficacité des vaccins ?

Le variant sud-africain suscite une inquiétude particulière. En effet, l’efficacité du vaccin d’AstraZeneca a été mise en doute sur cette nouvelle forme du virus. A l’image de l’Afrique du Sud qui a décidé de suspendre l’utilisation du vaccin d’AstraZeneca. A ce sujet, le ministre de la Santé s’est voulu rassurant sur franceinfo vis-à-vis des soignants en affirmant mardi 9 février 2021 : “99% des souches virales qui circulent en France métropolitaine ne correspondent pas au variant sud-africain“. S’il n’y a pas eu de tests pour déterminer l’efficacité de ce vaccin contre le variant brésilien, il s’est avéré efficace contre le variant britannique.

Concernant le vaccin mis au point par Moderna, le laboratoire note qu’il serait efficace contre le variant britannique : “L’étude n’a montré aucun impact significatif sur les titres neutralisants contre le variant B.1.1.7 par rapport aux variantes antérieures“. Pour le variant sud-africain, il serait moins efficace car des tests ont montré “une réduction par six” des niveaux d’anticorps neutralisants mais les niveaux d’anticorps “restent au-dessus de ce qui est attendu comme nécessaire pour procurer une protection“.

Concernant le vaccin Pfizer/Biontech, le laboratoire assure dans un communiqué que des études in vitro ont démontré que le vaccin déclenchait des anticorps qui neutralisent le virus même en présence des variants anglais et sud-africain.

Quels tests de dépistage ?

Pour lutter contre la propagation des variants, la Direction générale de santé (DGS) a mis à jour et renforcé ses recommandations. Un renforcement spécifique est prévu sur les variantes, dites sud-africaine et brésilienne, dont la circulation est aujourd’hui minoritaire, mais qui présente un risque d’échappement immunitaire et vaccinal.

“Tout test (antigénique rapide ou PCR) donnant lieu à un résultat positif doit désormais obligatoirement faire l’objet d’une RT-PCR de criblage en seconde intention. Ce second test permet de déterminer s’il s’agit d’un variant“, note la DGS. Les laboratoires réalisant les tests de criblage doivent en transmettre les résultats dans un délai inférieur à 36 heures aux laboratoires ayant réalisé le test de première intention.

“Seuls les kits RT-PCR ayant deux cibles, dont au moins la mutation N501Y commune aux trois variantes circulant actuellement, et permettant de distinguer la variante dite britannique d’une part et les variantes dites sud-africaine et brésilienne d’autre part, doivent être utilisés en seconde intention“, résume l’autorité de santé.

Quelles mesures de protection ?

Le ministère de la Santé a également décidé de renforcer certains dispositifs lors d’une contamination par variants. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et l’alerte rapide de leur contact.

“Dans le cadre du contact-tracing, l’Assurance maladie indique au patient s’il est porteur d’une variante et de laquelle. Il est demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque“, détaille le ministre. Ainsi, il est recommandé de renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes, de télétravailler dès lors que cela est possible, de réduire volontairement leurs contacts sociaux durant les 7 jours suivants et de réaliser un test sans délai dès les premiers symptômes.

Dès leur identification, les contacts à risque des personnes porteuses d’une variante dite “sud-africaine ou brésilienne” doivent bénéficier d’un test PCR afin de démarrer sans délai les opérations de contact-tracing. En cas de test négatif, il faut respecter un isolement de 7 jours depuis le dernier contact à risque puis réaliser un test PCR à l’issue de ces 7 jours.

Isolement de 10 jours dans les cas de variants brésilien et sud-africain

Afin de limiter au maximum la circulation du virus, la direction générale de la santé donne la priorité à la mise en œuvre d’un isolement précoce et bien respecté. “Les personnes contacts à risque et les personnes suspectées ou confirmés d’avoir fait l’objet d’une contamination par une variante doivent faire l’objet d’un suivi renforcé. Les visites à domicile par des infirmiers sont systématiquement proposées et les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation doivent se voir systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement“. 

Enfin, pour les patients touchés par les variants brésiliens et sud-africains, la durée d’isolement est portée à 10 jours. 

Quel comportement adopter à l’issue de ces dix jours ? Pour les cas positifs, en l’absence de fièvre depuis plus de 48h, la levée de l’isolement est conditionnée à l’obtention d’un résultat de test négatif. Ce test sera réalisé lors d’une deuxième visite infirmière. Si le test est positif, l’isolement est prolongé de 7 jours après le résultat.

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